尽管济南市九成烟气和六成废水都实现了在线监测，但环保部门相关人士认为，目前污染源自动在线监测仍存在诸多不足。排污企业对污染源监控安装存在抵触情绪加大了安装难度。此外，污染源自动监测数据的可靠性、有效性目前也难以保证。
据了解，目前，济南市31家主要排污单位安装了34套烟气自动监控系统，这些企业烟气排放量占整个济南市的90%。此外，济南市的9套废水监测系统也实现对六成左右废水的自动监测。
尽管如此，目前污染源自动监控工作仍存在许多困难。济南市环保部门相关专家介绍，“很多排污企业对自动在线监测存在严重的抵触情绪。”很多较大的排污企业认为安装自动监控仪器是花钱找麻烦，不愿意安装。有的企业装了不用，有的用上了就不管、不维护、不检修，甚至人为破坏，造成大量的污染源自动监控仪器形同虚设。据了解，经济利益是这些企业的主要考虑，由于企业需要出资安装，并且监测设备一旦安装，其排污必须达到相关标准，这成为企业抵触的主要原因。
污染源自动监测数据的可靠性、有效性难以保证。专家介绍，设备选型、仪器校验等方面的管理长期无章可循，为监测数据的可靠性留下了隐患；少数企业为了逃避自动监控，擅自更改仪器设置，影响了自动监控数据的可靠性。
环保专家也认为，污染源自动监控系统运行管理不够到位也影响到自动监测的效果。“在这个问题上，环保部门的责任最大。需要看到管理不到位的潜在问题。监管滞后等于给了企业弄虚作假的空间。”一位专家直言不讳。
目前，自动监测安装经费还难以保障。自动监控系统需要大量的硬件、软件，安装一套现场设备需投入数十万元到上百万元。关于经费分担，专家认为，监控仪器建在排污现场用于直接收集排污数据，属于环保设施的一部分，经费应由排污单位自筹解决。建在环保部门的监控中心软硬件系统，属于环保部门信息化电子政务建设的内容，建设和运行应由环保部门申请财政资金。
